Мальчик рос в любви и послушании родителям, твёрдом соблюдении церковного устава и нравственной строгости. Был скромен, добр и молчалив, но остроумен и прост в общении. Юношей помогал отцу в торговых делах.

Мысль уйти в монастырь окончательно окрепла к тридцати шести годам. Этому способствовало принятие монашества его старшим братом Михаилом.

В 1847 году Иван Антимонов покинул отчий дом и поступил в скит Введенской Оптиной пустыни. Послушник Иоанн был вверен на духовное окормление преподобному Макарию – оптинскому старцу, чьё имя было известно далеко за пределами обители.

Нёс послушания на пасеке, в хлебопекарне, поваром в трапезной, пел на клиросе, был переплётчиком книг…

В 1851 году принял рясофор, в 1854 году пострижен в мантию. И всё более ревностно относился к духовной жизни, исполняя келейное правило и посещая богослужения, ограничивая себя в еде и отдыхе.

По благословению духовного отца в 1855 году он был рукоположен в иеродиакона, три года спустя – в иеромонаха. По принятии сана преподобный Исаакий остался таким же скромным, искренним и открытым в отношениях с братией, но стал ещё строже и требовательнее к себе, во всём полагаясь на наставления старца Макария.

В 1860 году уже тяжело больной старец Макарий, предчувствуя близкую кончину, завещал духовному сыну перейти под руководство великого оптинского старца Амвросия. А через два года, после смерти настоятеля Оптиной пустыни старца Моисея, преподобный Исаакий стал его преемником.

Шестнадцать лет он руководил обителью. Его стараниями достроен храм Всех Святых, сооружён новый иконостас в Казанском соборе и перестроен старый во Введенском, расписаны стены. Построены больница с аптекой и церковь при ней, книжная лавка, рухлядная, гостиница, водопровод. Множество помещений реставрировано и перестроено. Приобретены лесные участки (что решило проблему топлива) и луговые земли. Открылся свечной завод. Поощрялось садоводство и огородничество.

Так во второй половине XIX века Оптина пустынь стала одним из процветающих монастырей России. Но не хозяйственные заботы были главными для настоятеля, а отеческое попечение о братии, об исполнении монашеских послушаний и устава; при этом для себя он не делал исключений. И будучи игуменом, и став в 1885 году архимандритом, преподобный Исаакий во всём слушался старца Амвросия и такому же послушанию учил братию.

В последние годы жизни ему выпали многие скорби. Особенно тяжело он пережил отъезд старца Амвросия в Шамординскую общину. Здоровье заметно слабело, и он принял пострижение в схиму. Начались тайные доносы, что он из-за преклонных лет и болезни он неспособен управлять обителью. Братия единодушно встала на защиту настоятеля. Но силы его уже угасали.

Умирал он тихо. Плачущим чадам своим дал последнее наставление: «Любите Бога и ближних, любите Церковь Божию, в службе церковной и молитве ищите благ не земных, а небесных…»

Преподобный Исаакий Оптинский отошёл ко Господу 22 августа (4 сентября по новому стилю) 1894 года. Это был истинный последователь той традиции старчества, которая отличала уклад Оптиной пустыни от других монастырей России. Его жизнь стала достойным продолжением духовного подвига, начатого его предшественником преподобным Моисеем и другими великими оптинскими старцами.