Родился он в Трапезунде в благочестивой христианской семье, назван был Авраамием. Рано осиротев, воспитывался у благочестивой монахини, подражая ей в навыках иноческой жизни, посте и молитве. Образование получил в Византии. В совершенстве изучив различные науки, он стал наставником юношества.

После знакомства с преподобным Михаилом Малеином, презрев мирскую суету, Авраамий удалился в Киминский монастырь в Малой Азии, где принял иноческий постриг с именем Афанасий. В обители с усердием исполнял послушания, в свободное время занимался переписыванием Священного Писания (известно, что он переписал Четвероевангелие и Апостол).

Постами, бдениями, коленопреклонениями, изнурительными трудами преподобный Афанасий достиг такого совершенства, что в 960 году по благословению игумена поселился для пустынножительства на Святой Горе Афон. Спустя время он основал на Афоне общежительный монастырь со строгим уставом, где и был игуменом. Слава об обители и её игумене-подвижнике распространилась повсюду, так что даже игумены многих монастырей и архиереи желали быть простыми иноками в Лавре преподобного Афанасия.

Преподобный Афанасий удостоился от Господа дара прозорливости и чудотворений: знамением креста исцелял больных и изгонял нечистых духов. Сама Пречистая Богородица благоволила к святому и несколько раз являлась ему, обещая великой Лавре Свою неоскудевающую помощь и защиту.

Провидя свою кончину, преподобный просил братию не соблазняться о том, что произойдёт. Преподав последнее наставление и помолившись, он взошёл вместе с другими шестью братиями на верх храма осмотреть строительство. Вдруг верх храма обрушился, и преподобный с братиями были завалены камнями и предали свои души в руки Божии. Кончина святого последовала в 1000 – 1001 годах.