Иоанн родился столь болезненным и слабым, что родители торопились с Крещением. Имя выбрали в честь преподобного Иоанна Рыльского. После Крещения мальчик стал поправляться и крепнуть.

Ещё в детстве ему было явлено чудо: Иоанн увидел своего Ангела Хранителя, который обещал оберегать его до конца земных дней.

На шестом году жизни Иоанн стал учиться читать. Отец часто брал его в храм, знакомил с богослужением и богослужебными книгами. А в возрасте около 10 лет родители, устроили его в Архангельское приходское училище, с трудом собрав необходимую сумму. Но обучение не давалось Иоанну: он с трудом усваивал материал. Это очень печалило: он понимал, как тяжело родителям оплачивать его пребывание в училище.

Однажды после сердечной молитвы перед сном Иоанн почувствовал, точно завеса спала с глаз и раскрылся ум. Ему ясно представился учитель, вспомнилось содержание урока. Проснувшись на рассвете, Иоанн начал читать, и прочитанное легко усваивалось и запоминалось.

С тех пор он хорошо разумел учебный материал и постепенно перешёл из последних учеников в число лучших. По завершении курса его перевели в семинарию, а по её окончании в 1851 году он поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию на казенный счёт.

В период обучения в академии у него умер отец. Семья, потеряв кормильца, оказалась в бедственном положении. Иоанн стал искать заработка. Зная о его стеснённых обстоятельствах и хорошем почерке, ему предложили место писаря. Он получал до 10 рублей ежемесячно и, отправляя матери деньги, искренне радовался, что смог её поддержать.

Однажды Иоанн увидел в сновидении, что он священник и служит в соборе, в котором до этого никогда не был. Вскоре увиденное во сне исполнилось…