Прожив более ста лет, он удалился из Эфеса и просил своих учеников похоронить его ещё живым, накрыв лицо платом. Те не осмелились нарушить просьбу.

Через некоторое время могила была вскрыта, но тела Иоанна там не оказалось. Зато ежегодно 21 мая на могиле стал выступать тонкий слой праха («манны»), приносивший исцеления. В честь этого события установлено весеннее празднование памяти апостола Иоанна Богослова.

Что это за прах? Куда делось тело? Есть мнение, будто спящий Иоанн так и лежит в могиле, а тонкий прах поднимается от его дыхания. Более распространён взгляд, что апостол взят на небо вместе с телом, подобно Богородице и древним праведникам Илии и Еноху.

В любом случае, Священное Предание зафиксировало изменение «чина естества» – тление не коснулось тела любимого ученика Господа нашего Иисуса Христа. Этой победой над тлением подчеркивается духовное родство апостола с Пресвятой Богородицей, усыновившей Иоанна у подножия Креста Господня.