Во время гонений на христиан благочестивая вдова Иулиания скрывалась от преследований с двумя малолетними детьми, Иоанном и Фимистией. Своих детей она постоянно учила молитвам и чтению Священных Книг. Время от времени отрок Иоанн тайно посещал ближнюю обитель, подвергая себя опасности. Однажды ему повстречался благочестивый человек, который посоветовал найти для молитв более пустынное место.

Возвратившись домой, отрок сказал матери, что идёт к одному благочестивому человеку. Думая, что сын скоро возвратится, мать отпустила его. Иоанн отправился к пустыннику Фармуфию и, приняв от него благословение, удалился в пустыню. Молодой подвижник нашел пустой глубокий колодец, в котором было много змей, скорпионов и других гадов, и, помолившись, бросился вниз, но, чудесно поддержанный Ангелом, остался невредим. На дне колодца он провёл в молитве с крестообразно сложенными руками без пищи и сна сорок дней, пока змеи не покинули колодец.

Однажды Ангел, приносивший пищу пустыннику Фармуфию, принес хлеб и для святого Иоанна (Ангел не приносил хлеб прямо Иоанну, чтобы юный подвижник не возгордился). С тех пор святой отрок получал Небесную пищу через Фармуфия.

Юному подвижнику пришлось испытать много искушений от диавола. Бесы принимали образ матери, сестры, родственников и знакомых святого Иоанна, чтобы разжалобить подвижника и заставить его прервать подвиг. Все они с плачем поочерёдно подходили к колодцу, прося преподобного Иоанна выйти к ним. Всё это время святой не прекращал молитвы и по окончании её произнес: «Отойдите от меня». И бесы исчезли.

До самой своей блаженной кончины, последовавшей в IV веке, святой Иоанн жил в колодце, непрестанно подвизаясь в посте и молитве. Промыслом Божиим для его погребения пришел инок Хрисихий, подвизавшийся в пустыне в течение тридцати лет. Накануне преставления преподобный Иоанн после долгих просьб подробно рассказал Хрисихию о своем житии и подвиге спасения. После его смерти у места его подвигов происходили многочисленные чудеса.